Z BioFizInfo
Wersja z dnia 11:34, 8 sty 2019 autorstwa Krzysko (dyskusja | edycje) (Materiały z ćwiczeń)
Skocz do: nawigacja, szukaj

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów

Właściwości aminokwasów

Struktura aminokwasów

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska


Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek


Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1
-publikacja 2


Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików
Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej

Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Analiza energii
Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)
Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie dopisać rozszerzenie: .py)