# protocol params
coordinates en.pdb  ;#plik z zaznaczonymi atomami w kolumnie beta, ktore maja ze soba oddzialywac

temperature 310

# initial config
extendedSystem nazwa_dyn2.restart.xsc  ;#plik restart z oststniej dynamiki
firsttimestep   0

# periodic cell
wrapAll           on


# output params
outputname      nazwa_en_dyn2
binaryoutput    off
outputEnergies  1

# Integrator Parameters
timestep            1.0  ;# 2fs/step
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2
stepspercycle       10


# force field params
paraTypeCharmm  on
structure       ionized.psf        ;#plik psf z kompleksem, z woda, z jonami, we wszystkich symulacjach ten sam
parameters      /home/krzysko/par/par_all27_na.prm     ;#podac sciezke dostepu do pliku z parametrami, we wszystkich symulacjach ten sam
exclude         scaled1-4
1-4scaling      1.0
switching       on
switchdist      8.0
cutoff          12.0
pairlistdist    13.5
margin          3.0


# Pair interaction
pairInteraction on
pairInteractionFile  en.pdb  ;#plik z zaznaczonymi atomami w kolumnie beta, ktore maja ze soba oddzialywac
#pairInteractionCol   O
pairInteractionGroup1  1
pairInteractionGroup2  2
#pairInteractionSelf    on

###
coorfile open dcd nazwa_dyn2.dcd  ;# nazwa pliku dcd z ostatniej dynamiki

set ts 50000
while { [coorfile read] != -1 } {
  incr ts 5000
  firstTimestep $ts
   run 0
}
coorfile close