Z BioFizInfo
(→Materiały z ćwiczeń) |
(→Materiały z wykładów) |
||
| Linia 35: | Linia 35: | ||
[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']] | [[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']] | ||
| − | + | [[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']] | |
| − | [[Media: | + | [[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']] |
| − | [[Media: | + | [[Media:lekIII2018.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']] |
| − | [[Media: | + | [[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]--> |
| − | + | :Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8 | |
| − | + | [[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']] | |
== Materiały z ćwiczeń == | == Materiały z ćwiczeń == | ||
Wersja z 10:05, 12 sty 2019
Spis treści
Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa
- (plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów
Materiały z wykładów
Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień
Wykład 2: Modelowanie homologiczne
Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo
- Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
- oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]
Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska
Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia
Wykład 6: Lek - miejsce działania
Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR-->
- Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8
Materiały z ćwiczeń
Szablon do raportu I - analiza białek
Publikacje do raportu II
Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6
Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
- Analiza energii
- Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)
- Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)