Z BioFizInfo
(→Materiały z ćwiczeń) |
(→Materiały z ćwiczeń) |
||
| Linia 69: | Linia 69: | ||
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]] | :[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]] | ||
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]] | :[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]] | ||
| − | :[[Media:sumaen | + | :[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę zmienić txt na py)]] |
<!--[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]--> | <!--[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]--> | ||
Wersja z 11:33, 8 sty 2019
Spis treści
Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa
- (plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów
Materiały z wykładów
Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień
Wykład 2: Modelowanie homologiczne
Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo
- Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
- oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]
Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska
Materiały z ćwiczeń
Szablon do raportu I - analiza białek
Publikacje do raportu II
Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6
Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
- Analiza energii
- Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)
- Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę zmienić txt na py)