Z BioFizInfo
Skocz do: nawigacja, szukaj
m (Materiały z wykładów)
m (Materiały z wykładów)
Linia 27: Linia 27:
 
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
 
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
 
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]
 
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]
 +
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a umieszczone przy ćwiczeniu 1
  
 
[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]
 
[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]
Linia 43: Linia 44:
  
 
[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
 
[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
 
 
<!--:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8-->
 
<!--:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8-->
 
 
[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]
 
[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]
  

Wersja z 09:41, 19 sty 2018

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów

Właściwości aminokwasów

Struktura aminokwasów

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a
Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a
Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a umieszczone przy ćwiczeniu 1

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska

Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia

Wykład 6: Lek - miejsce działania

Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR Wykład 9: Farmakokinetyka

Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek

Molecular Conceptor - struktura białek

Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1
-publikacja 2


Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików
Pliki do dynamiki molekularnej

Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Analiza energii
Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)


Szablon do raportu III - dokowanie