Z BioFizInfo
m (→Materiały z ćwiczeń) |
Charzewski (dyskusja | edycje) |
||
Linia 50: | Linia 50: | ||
[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]] | [[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]] | ||
+ | |||
+ | [[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']] | ||
:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]] | :::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]] |
Wersja z 08:47, 17 sty 2018
Spis treści
Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa
- (plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów
Materiały z wykładów
Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień
Wykład 2: Modelowanie homologiczne
Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo
- Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
- oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]
Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska
Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia
Wykład 6: Lek - miejsce działania
Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR
- Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8
Materiały z ćwiczeń
Szablon do raportu I - analiza białek
Molecular Conceptor - struktura białek
Publikacje do raportu II
Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6
Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD