Z BioFizInfo
(→Materiały z ćwiczeń) |
(→Materiały z ćwiczeń) |
||
| (Nie pokazano 12 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 27: | Linia 27: | ||
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf] | :Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf] | ||
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf] | :oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf] | ||
| + | |||
| + | [[Media:Wykład2_MM_MD_MC_DB.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']] | ||
| + | |||
| + | [[Media:lekI.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']] | ||
| + | |||
| + | [[Media:lekII.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']] | ||
| + | |||
| + | [[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']] | ||
| + | |||
| + | [[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']] | ||
| + | |||
| + | :Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8 | ||
| + | |||
| + | [[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']] | ||
== Materiały z ćwiczeń == | == Materiały z ćwiczeń == | ||
| Linia 35: | Linia 49: | ||
'''Publikacje do raportu II''' | '''Publikacje do raportu II''' | ||
| + | :[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]] | ||
| + | :[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]] | ||
| + | |||
| + | '''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | ||
| + | :[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]] | ||
| + | |||
| + | '''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | ||
| + | :[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]] | ||
| + | :[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]] | ||
| + | |||
| + | [[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]] | ||
| + | |||
| + | [[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]] | ||
Aktualna wersja na dzień 15:26, 24 sty 2017
Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa
- (plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
Materiały z wykładów
Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień
Wykład 2: Modelowanie homologiczne
Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo
- Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
- oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]
Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska
Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia
Wykład 6: Lek - miejsce działania
Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR
- Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8
Materiały z ćwiczeń
Szablon do raportu I - analiza białek
Publikacje do raportu II
Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD