Z BioFizInfo
Skocz do: nawigacja, szukaj
(→‎Materiały z ćwiczeń)
 
(Nie pokazano 31 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 6: Linia 6:
 
[[Media:Vi.pdf | vi]]
 
[[Media:Vi.pdf | vi]]
  
−
[[Media:skrypt3cd.pdf | Narzędzia systemowe]]
+
[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
−
(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu Vi)
+
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
  
 
[[Media:Sed.pdf | sed]]
 
[[Media:Sed.pdf | sed]]
Linia 16: Linia 16:
  
 
[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]
 
[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]
 +
 +
== Materiały z wykładów ==
 +
 +
[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
 +
:[[Media:Uzupełnienie_wykład1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
 +
 +
[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]
 +
 +
[[Media:Wykład_modelowanie_ab_inito_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
 +
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony  Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
 +
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]
 +
 +
[[Media:Wykład2_MM_MD_MC_DB.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]
 +
 +
[[Media:lekI.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]
 +
 +
[[Media:lekII.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]
 +
 +
[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]
 +
 +
[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
 +
 +
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8
 +
 +
[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]
 +
 +
== Materiały z ćwiczeń ==
 +
 +
[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]
 +
 +
:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]
 +
 +
'''Publikacje do raportu II'''
 +
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
 +
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]
 +
 +
'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 +
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
 +
 +
'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 +
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
 +
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
 +
 +
[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]
 +
 +
[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Aktualna wersja na dzień 15:26, 24 sty 2017

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska

Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia

Wykład 6: Lek - miejsce działania

Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR

Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

Wykład 9: Farmakokinetyka

Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek

Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1
-publikacja 2

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików

Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Analiza energii
Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)

Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Szablon do raportu III - dokowanie

Źródło: „https://bioexploratorium.pl/mediawiki/index.php?title=Modelowanie_molekularne_i_obliczeniowa_biologia_strukturalna_-_2016z&oldid=1429”