Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów

Właściwości aminokwasów

Struktura aminokwasów

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]

oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska

Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia

Wykład 6: Lek - miejsce działania

Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR

Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

Wykład 9: Farmakokinetyka

Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek

Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1

-publikacja 2

Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików

Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej

Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Analiza energii

Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)

Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)

dla Grzesia

plik testowy - dla Grzesia