Z BioFizInfo
Charzewski (dyskusja | edycje) |
|||
(Nie pokazano 57 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
Linia 16: | Linia 16: | ||
[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]] | [[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]] | ||
− | == Materiały przygotowujące do | + | == Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów == |
[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]] | [[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]] | ||
− | [[Media: | + | [[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]] |
== Materiały z wykładów == | == Materiały z wykładów == | ||
[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]] | [[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]] | ||
− | :[[Media: | + | :[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]] |
[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']] | [[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']] | ||
− | [[Media: | + | [[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']] |
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf] | :Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf] | ||
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf] | :oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf] | ||
− | [[Media: | + | [[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']] |
− | [[Media: | + | [[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']] |
− | [[Media: | + | [[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']] |
− | [[Media: | + | [[Media:lekIII2019.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']] |
− | |||
− | |||
+ | [[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']] | ||
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8 | :Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8 | ||
Linia 50: | Linia 49: | ||
[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]] | [[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]] | ||
+ | |||
+ | <!--[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]--> | ||
:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]] | :::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]] | ||
Linia 56: | Linia 57: | ||
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]] | :[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]] | ||
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]] | :[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]] | ||
+ | |||
+ | |||
+ | [[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]] | ||
'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | '''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | ||
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]] | :[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]] | ||
+ | :[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]] | ||
'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | '''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | ||
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]] | :[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]] | ||
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]] | :[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]] | ||
+ | :[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]] | ||
− | [[Media: | + | <!--[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]--> |
+ | |||
+ | == dla Grzesia == | ||
− | [[Media: | + | [[Media:lekV.m4v | '''plik testowy''' - dla Grzesia]] |
Aktualna wersja na dzień 02:28, 13 sie 2020
Spis treści
Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa
- (plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów
Materiały z wykładów
Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień
Wykład 2: Modelowanie homologiczne
Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo
- Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
- oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]
Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska
Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia
Wykład 6: Lek - miejsce działania
Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR
- Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8
Materiały z ćwiczeń
Szablon do raportu I - analiza białek
Publikacje do raportu II
Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6
Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
- Analiza energii
- Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)
- Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)