Z BioFizInfo
(→Materiały z ćwiczeń) |
Charzewski (dyskusja | edycje) m |
||
| Linia 64: | Linia 64: | ||
'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | '''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | ||
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]] | :[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]] | ||
| − | :[[Media: | + | :[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]] |
'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | '''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | ||
Wersja z 21:05, 9 gru 2018
Spis treści
Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa
- (plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów
Materiały z wykładów
Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień
Wykład 2: Modelowanie homologiczne
Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo
- Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
- oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]
Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska
Materiały z ćwiczeń
Szablon do raportu I - analiza białek
Publikacje do raportu II
Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6
Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD
Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD