Z BioFizInfo
(→Materiały z wykładów) |
(→Materiały z ćwiczeń) |
||
| Linia 59: | Linia 59: | ||
[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]] | [[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]] | ||
| − | + | '''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | |
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]] | :[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]] | ||
| − | '''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' | + | <!--'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD''' |
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]] | :[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]] | ||
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]] | :[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]] | ||
[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]--> | [[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]--> | ||
Wersja z 10:32, 19 gru 2017
Spis treści
Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa
- (plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)
Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów
Materiały z wykładów
Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień
Wykład 2: Modelowanie homologiczne
Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo
- Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
- oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]
Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska
Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia
Wykład 6: Lek - miejsce działania
Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków
Materiały z ćwiczeń
Szablon do raportu I - analiza białek
Publikacje do raportu II
Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6
Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD