Z BioFizInfo
Skocz do: nawigacja, szukaj
(Materiały z ćwiczeń)
Linia 40: Linia 40:
 
'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 
'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
 
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
 +
 +
[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]
 +
 +
[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Wersja z 10:01, 17 sty 2017

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek

Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1
-publikacja 2

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików

Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Szablon do raportu III - dokowanie