Z BioFizInfo
Skocz do: nawigacja, szukaj
(Materiały z ćwiczeń)
(Materiały z ćwiczeń)
(Nie pokazano 3 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 29: Linia 29:
 
[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]
 
[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]
  
<!--[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
+
[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
 
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony  Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
 
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony  Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
 
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]
 
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]
Linia 35: Linia 35:
 
[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]
 
[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]
  
[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]
+
<!--[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]
  
 
[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]
 
[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]
Linia 62: Linia 62:
 
[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]
 
[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]
  
<!--'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
+
'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
 
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
 
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]
 
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]
Linia 71: Linia 71:
  
  
[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]-->
+
<!--[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]-->

Wersja z 19:18, 8 gru 2018

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów

Właściwości aminokwasów

Struktura aminokwasów

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska


Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek


Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1
-publikacja 2


Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików
Pliki do dynamiki molekularnej

Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Analiza energii
Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)