Z BioFizInfo
Skocz do: nawigacja, szukaj
(Materiały z wykładów)
 
(Nie pokazano 11 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 35: Linia 35:
 
[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]
 
[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]
  
<!--[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]
+
[[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]
  
[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]
+
[[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]
  
[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]
+
[[Media:lekIII2019.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]
  
[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]-->
+
[[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
<!--:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8-->
+
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8
  
<!--[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]-->
+
[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]
  
 
== Materiały z ćwiczeń ==
 
== Materiały z ćwiczeń ==
Linia 57: Linia 57:
 
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
 
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
 
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]
 
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]
 
  
  
 
[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]
 
[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]
  
<!--'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
+
'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
 
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]
+
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]
  
 
'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 
'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
 
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
 
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
 
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
 
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
 +
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]]
 +
 +
<!--[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]-->
  
 +
== dla Grzesia ==
  
[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]-->
+
[[Media:lekV.m4v | '''plik testowy''' - dla Grzesia]]

Aktualna wersja na dzień 02:28, 13 sie 2020

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów

Właściwości aminokwasów

Struktura aminokwasów

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska

Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia

Wykład 6: Lek - miejsce działania

Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR

Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

Wykład 9: Farmakokinetyka

Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek


Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1
-publikacja 2


Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików
Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej

Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Analiza energii
Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)
Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)


dla Grzesia

plik testowy - dla Grzesia