Z BioFizInfo
Skocz do: nawigacja, szukaj
 
(Nie pokazano 16 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
==Modelowanie molekularne - oprogramowanie==
 
==Modelowanie molekularne - oprogramowanie==
'''Modelowanie molekularne''' – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości [[cząsteczka|cząsteczek]] lub układów ponadcząsteczkowych. Poniżej lista programów znajdujących zastosowanie w modelowaniu układów biologicznych ich badaniu a także wizualizacji.
+
'''Modelowanie molekularne''' – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych. Poniżej lista programów znajdujących zastosowanie w modelowaniu układów biologicznych, ich badaniu i wizualizacji.
 +
===Wizualizacja układów biologicznych===
 +
*VMD
 +
*YASARA
 +
*RasMol
 +
*Molekel
 +
===Dynamika Molekularna===
 +
*AMBER
 +
*NAMD
 +
*GROMACS
 +
*GROMOS
 +
*YASARA
 +
===Ocena struktury przestrzennej białka===
 +
*ANOLEA
 +
*Prosa
 +
*Verify3D
 +
*WHAT_CHECK
 +
===Uliniawianie sekwencji===
 +
*ClustalW
 +
===Budowa ligandów===
 +
* PRODRG
 +
===Dokowanie===
 +
* AUTODOCK4
 +
* DOCK
 +
*FlexX
 +
===Przewidywanie struktury białka===
 +
* CABS
 +
* ROSETTA
 +
*MODELLER

Aktualna wersja na dzień 17:08, 27 sty 2012

Modelowanie molekularne - oprogramowanie

Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych. Poniżej lista programów znajdujących zastosowanie w modelowaniu układów biologicznych, ich badaniu i wizualizacji.

Wizualizacja układów biologicznych

  • VMD
  • YASARA
  • RasMol
  • Molekel

Dynamika Molekularna

  • AMBER
  • NAMD
  • GROMACS
  • GROMOS
  • YASARA

Ocena struktury przestrzennej białka

  • ANOLEA
  • Prosa
  • Verify3D
  • WHAT_CHECK

Uliniawianie sekwencji

  • ClustalW

Budowa ligandów

  • PRODRG

Dokowanie

  • AUTODOCK4
  • DOCK
  • FlexX

Przewidywanie struktury białka

  • CABS
  • ROSETTA
  • MODELLER