Stereo

W wielu programach do mechaniki i dynamiki molekularnej istnieje funkcja pozwalająca pracować w trybie 3D zwanym również trybem stereo. Tryb ten ułatwia analizę dużych układów molekularnych, gdyż może znacznie poprawić wygląd i zawartość wizualną z wyświetlanych systemów. Zasada wizualizacji trybu stereo, w zależności od programu do modelowania, może być różna.

• Side-by-side czyli tak zwana stereopara oznacza, że mamy dwa obrazki. Na każdym z nich jest ten sam widok/rysunek/cząsteczka z nieco innej perspektywy, przystosowany specjalnie dla konkretnego oka. W zależności od układu tych rysunków, czyli gdy lewy obrazek jest przeznaczony dla lewego oka a prawy dla prawego lub gdy obrazek po stronie lewej jest przystosowany do oka prawego, a po stronie prawej do oka lewego, musimy przystosować nasze patrzenie tak aby zobaczyć obraz w trójwymiarze. I tak:
• gdy lewy obrazek jest przeznaczony dla lewego oka a prawy dla prawego, patrzymy równolegle na oba obrazki i aby widzieć w 3D musimy zrobić zeza rozbieżnego
• obrazek po stronie lewej jest przystosowany do oka prawego, a po stronie prawej do oka lewego, patrzymy krzyżowo na oba obrazki, czyli robimy zeza zbieżnego