Stereo

W wielu programach do mechaniki i dynamiki molekularnej istnieje funkcja pozwalająca pracować w trybie 3D zwanym również trybem stereo. Tryb ten ułatwia analizę dużych układów molekularnych, gdyż może znacznie poprawić wygląd i zawartość wizualną z wyświetlanych systemów. Zasada wizualizacji trybu stereo, w zależności od programu do modelowania, może być różna.

• Side-by-side czyli tak zwana stereopara oznacza, że mamy dwa obrazki. Na każdym z nich jest ten sam widok/rysunek/cząsteczka z nieco innej perspektywy, przystosowany specjalnie dla konkretnego oka. W zależności od układu tych rysunków, czyli gdy obrazek po stronie lewej jest przeznaczony dla lewego oka a a po stronie prawej dla prawego lub gdy obrazek po stronie lewej jest przystosowany do oka prawego, a po stronie prawej do oka lewego, musimy przystosować nasze patrzenie tak aby zobaczyć obraz w trójwymiarze. I tak:
• gdy obrazek po stronie lewej jest przeznaczony dla lewego oka a a po stronie prawej dla prawego , patrzymy równolegle na oba obrazki i aby widzieć w 3D musimy zrobić zeza rozbieżnego;
• gdy obrazek po stronie lewej jest przystosowany do oka prawego, a po stronie prawej do oka lewego, patrzymy krzyżowo na oba obrazki, czyli musimy zrobić zeza zbieżnego.