| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | '''Model HP''' (hydrophobic-polar protein folding model) to model | + | '''Model HP''' (hydrophobic-polar protein folding model) to model polimeru wykorzystywany do badania ogólnych zasad rządzących procesami zwijania białek. Badania tego typu w przypadku modeli pełnoatomowych wiążą się ze znacznymi kosztami obliczeniowymi. Model HP, ze względu na uproszczaoną charakterystykę, umożliwia przeprowadzenie krótkiej symulacji (trwającej od kilku minut do kilku godzin), w trakcie której układ osiąga wszystkie możliwe mikrostany. |
| − | Idea modelu HP opiera się na obserwacji, iż kluczową rolę w procesie zwijania białka pełni efekt hydrofobowy (spotkać się można również z terminem: "oddziaływania hydrofobowe"). | + | Idea modelu HP opiera się na obserwacji, iż kluczową rolę w procesie zwijania białka pełni efekt hydrofobowy (spotkać się można również z terminem: "oddziaływania hydrofobowe"). W podstawowym modelu HP polimer zbudowny jest z monomerów H (hydrofobowych) oraz P (polarnych), przy czym wkład do energii pochodzi jedynie od H. |
Wersja z 11:22, 11 lut 2011
Model HP (hydrophobic-polar protein folding model) to model polimeru wykorzystywany do badania ogólnych zasad rządzących procesami zwijania białek. Badania tego typu w przypadku modeli pełnoatomowych wiążą się ze znacznymi kosztami obliczeniowymi. Model HP, ze względu na uproszczaoną charakterystykę, umożliwia przeprowadzenie krótkiej symulacji (trwającej od kilku minut do kilku godzin), w trakcie której układ osiąga wszystkie możliwe mikrostany.
Idea modelu HP opiera się na obserwacji, iż kluczową rolę w procesie zwijania białka pełni efekt hydrofobowy (spotkać się można również z terminem: "oddziaływania hydrofobowe"). W podstawowym modelu HP polimer zbudowny jest z monomerów H (hydrofobowych) oraz P (polarnych), przy czym wkład do energii pochodzi jedynie od H.