Model HP - Historia wersji

Ponadto: /* Symulacje planowane na ćwiczeniach */

2011-03-22T00:08:52Z

‎Symulacje planowane na ćwiczeniach

2011-03-20T22:18:24Z

‎Model HP "na piątkę"

2011-03-20T18:34:25Z

‎Model HP "na piątkę"

2011-03-20T18:31:09Z

‎Symulacje planowane na ćwiczeniach

2011-03-13T14:55:42Z

‎Model HP

2011-03-13T14:49:28Z

‎Symulacje planowane na ćwiczeniach

2011-03-13T14:49:13Z

‎Symulacje planowane na ćwiczeniach

2011-03-09T21:48:03Z

2011-03-09T20:40:58Z

‎Symulowane wyżarzanie (Simulated Annealing)

2011-03-09T20:40:19Z

‎Symulowane wyżarzanie (Simulated Annealing)

@@ Linia 114: / Linia 114: @@
 [[Image:Cv.png|thumb|upright|300px|Ciepło właściwe w funkcji temperatury, uzyskane w symulowanym wyżarzaniu.]]
 [[Image:HistogramT0_3.png|thumb|upleft|300px|Histogram wystąpień stanów w zależności od liczby kontaktów.]]
 Ciepło właściwe wyraża się wzorem:

@@ Linia 124: / Linia 124: @@
 === Model HP "na piątkę" ===
-Na ocenę bardzo dobrą z tej części ćwiczeń należy przeprowadzić dodatkowo (poza symulacją na zaliczenie, na 25. marca) dwie symulacje dla białek o sekwencjach:
+Na ocenę bardzo dobrą z tej części ćwiczeń należy przeprowadzić dodatkowo (poza symulacją na zaliczenie, na 25. marca) dwie symulacje, dla białek o sekwencjach:
 * HPPPHHPPHPHHHHHH
 * HPPPHHPPHPHHPHHH

@@ Linia 124: / Linia 124: @@
 === Model HP "na piątkę" ===
-Na ocenę bardzo dobrą z tej części ćwiczeń należy przeprowadzić dodatkowo dwie, analogiczne symulacje dla białek o sekwencjach:
+Na ocenę bardzo dobrą z tej części ćwiczeń należy przeprowadzić dodatkowo (poza symulacją na zaliczenie, na 25. marca) dwie symulacje dla białek o sekwencjach:
 * HPPPHHPPHPHHHHHH
 * HPPPHHPPHPHHPHHH
-które różnią się sekwencyjnie tylko na jednej pozycji. Specyfikacje symulacji są te same, co poprzednio. Należy wykonać analogiczne histogramy wystąpień kontaktów, wykresy <math> Cv(T) </math> oraz - podobny do wykresu <math> Cv </math> - wykres <math> \langle I(T) \rangle </math>.
+które różnią się sekwencyjnie tylko na jednej pozycji (praca Dilla, str. 20). Specyfikacje symulacji są te same, co poprzednio. Należy wykonać analogiczne histogramy wystąpień kontaktów, wykresy <math> Cv(T) </math> oraz - analogiczny do wykresu <math> Cv </math> - wykres <math> \langle I(T) \rangle </math>.
 Czy różnica sekwencyjna na jednej pozycji powoduje zmianę minimalnej wartości energii dla tych dwóch białek? Czy obydwa białka "zwijają się" do minimum energii? A jak nie - to do minimum jakiego potencjału?

@@ Linia 123: / Linia 123: @@
 gdzie <math> s_0 </math> jest środkiem ciężkości, a ''n'' liczbą aminokwasów w strukturze. Natywna struktura większości białek jest globularna. Można więc przyjąć, że moment bezwładności jest dobrym przybliżeniem "stopnia zwinięcia białka".
-...
+=== Model HP "na piątkę" ===
 == Linki zewnętrzne ==

@@ Linia 111: / Linia 111: @@
 W każdej temperaturze wygenerujemy <math> m(T) < x </math> konformacji, które akceptować będziemy na drodze algorytmu Metropolisa i dla każdej takiej próby możemy wyznaczyć ciepło właściwe układu <math> C_v </math>, średni moment bezwładności <math> I </math> oraz histogram wystąpień stanów w zależności od liczby kontaktów.
-'''(z ostatnich ćwiczeń: na 25. marca proszę wykonać wykres Cv(T) oraz histogramy dla poszczególnych temperatur. Załączone rysunki przedstawiają czego można spodziewać się po wynikach).'''
+'''(z ostatnich ćwiczeń: na 25. marca proszę wykonać wykres Cv(T) oraz histogramy dla poszczególnych temperatur. Załączone rysunki przedstawiają czego spodziewać się można po wynikach).'''
 Ciepło właściwe wyraża się wzorem:

@@ Linia 103: / Linia 103: @@
 Celem ćwiczeń jest zaimplementowanie modelu HP (domyślnie w języku ''Java'') i sprawdzenie wyników przedstawionych w publikacji K. A. Dilla z 1995 roku.
 W pierwszym etapie przeprowadzimy symulowane wyżarzania modeli dwuwymiarowych trzech polimerów o sekwencjach:
-'''* PHPPHPPHHPPHHPPHPPHP'''
+*''' PHPPHPPHHPPHHPPHPPHP'''
 * HPPHPPHPHPPHPHPHHH
 * HPPPHHPPHPHHPHHH

@@ Linia 99: / Linia 99: @@
 Po zakończeniu symulacji średnia ''A'' w temperaturze <math> T_i </math> może zostać oszacowana wzorem:
 : <math> \langle A \rangle \approx \frac{1}{M} \sum_{i=1}^{M} A( \mathbf x_i )   </math>
 == Linki zewnętrzne ==
@@ Linia 107: / Linia 133: @@
 * [http://en.wikipedia.org/wiki/Partition_function_%28statistical_mechanics%29 Suma statystyczna (funkcja podziału) w Wikipedii]
 * [http://en.wikipedia.org/wiki/Metropolis_algorithm Algorytm Metropolisa]
 * [http://www.pymol.org/ Strona WWW projektu PyMOL]

@@ Linia 84: / Linia 84: @@
 == Symulowane wyżarzanie (''Simulated Annealing'') ==
-Najprostszym sposobem znajdowania konformacji o minimalnej energii jest systematyczne obliżanie temperatury podczas symulacji. Wadą tego rozwiązania jest to, że układ może łatwo zatrzymać się w lokalnym minimum energii, z którego wyjście przy obniżonej temperaturze okaże się niemożliwe (precyzyjniej: niezwykle mało prawdopodobne). Ponadto, zbieżność algorytmu przy niskich temperaturach jest dosyć wolna. Układ może stracić dużo czasu (kroków symulacji) w niecce reprezentującej lokalne minimum, bądź oscylując między stanami o tej samej energii.
+Najprostszym sposobem znajdowania konformacji o minimalnej energii jest systematyczne obniżanie temperatury podczas symulacji. Wadą tego rozwiązania jest to, że układ może łatwo zatrzymać się w lokalnym minimum energii, z którego wyjście przy obniżonej temperaturze okaże się niemożliwe (precyzyjniej: niezwykle mało prawdopodobne). Ponadto, zbieżność algorytmu przy niskich temperaturach jest dosyć wolna. Układ może stracić dużo czasu (kroków symulacji) w niecce reprezentującej lokalne minimum, bądź oscylując między stanami o tej samej energii.
 == Zamiana replik (''Replica Exchange Monte Carlo'') ==