Tekst źródłowy strony Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony  Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII2019.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

<!--[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]-->

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]


[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]]

<!--[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]-->

== dla Grzesia ==

[[Media:lekV.m4v | '''plik testowy''' - dla Grzesia]]