BioFizInfo - Wkład użytkownika [pl]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2020-08-13T02:28:08Z

Krzysko:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII2019.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]]



== dla Grzesia ==

[[Media:lekV.m4v | '''plik testowy''' - dla Grzesia]]

Plik:LekIII2019.pdf

2019-04-09T21:01:38Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-04-09T21:00:24Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-12T10:13:55Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII2018.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-12T10:12:34Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII2018.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]]

Plik:LekIV2018.pdf

2019-01-12T10:11:29Z

Krzysko:

Plik:LekIII2018.pdf

2019-01-12T10:10:09Z

Krzysko:

Plik:LekII2018.pdf

2019-01-12T10:08:04Z

Krzysko:

Plik:LekI2018.pdf

2019-01-12T10:06:24Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-12T10:05:15Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI2018.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII2018.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII2018.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV2018.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]-->
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-08T11:38:45Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie pliku dopisać rozszerzenie: .py oraz zmienić nazwę pliku 'F2AV_en_dyn2' na swoją)]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-08T11:34:49Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę po nazwie dopisać rozszerzenie: .py)]]

Plik:Sumaen.zip

2019-01-08T11:33:38Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-08T11:33:02Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę zmienić txt na py)]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-08T11:28:30Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.py.zip | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę zmienić txt na py)]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2019-01-08T11:26:19Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
:[[Media:sumaen.txt | Skrypt w payhtonie do wyciągnięcia energii z pliku otrzymanego ze skryptu energia.conf - wynik otrzymuje się zapisany w kolumnach (proszę zmienić txt na py)]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-12-08T19:18:05Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

Plik:Modelowanie de novo.pdf

2018-12-08T19:15:28Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-12-08T12:38:39Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-12-08T12:37:57Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-12-08T12:30:00Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-11-05T13:15:40Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

Plik:Wykład 1 uzupełnienie.pdf

2018-11-05T12:10:49Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-11-05T12:10:14Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-11-05T11:46:21Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-11-05T11:44:31Z

Krzysko: /* Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-10-15T07:42:05Z

Krzysko: /* Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

Strona główna

2018-10-07T13:16:31Z

Krzysko: /* Zajęcia w roku 2018/19 */

<center>{{Logo EU POIG BC}}</center>
<center>Projekt ''Fizyka wobec wyzwań XXI w.'' współfinansowany jest przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki.</center>

----
===Spis treści BioFizInfo wiki:===
[[Indeks|Indeks haseł]]


===Zajęcia w roku 2016/17===

[[Bazy danych i usługi sieciowe - 2016z | Bazy danych i usługi sieciowe]]

[[Pracownia technik obliczeniowych - 2016z | Pracownia technik obliczeniowych]]

[[Programowanie obiektowe - 2016z | Programowanie obiektowe]]

===Zajęcia w roku 2017/18===

[[Pracownia technik obliczeniowych - 2017l | Pracownia technik obliczeniowych]]

===Zajęcia w roku 2018/19===

[[Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z | Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna]]

Strona główna

2018-10-07T13:15:42Z

Krzysko: /* Zajęcia w roku 2018/19 */

<center>{{Logo EU POIG BC}}</center>
<center>Projekt ''Fizyka wobec wyzwań XXI w.'' współfinansowany jest przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki.</center>

----
===Spis treści BioFizInfo wiki:===
[[Indeks|Indeks haseł]]


===Zajęcia w roku 2016/17===

[[Bazy danych i usługi sieciowe - 2016z | Bazy danych i usługi sieciowe]]

[[Pracownia technik obliczeniowych - 2016z | Pracownia technik obliczeniowych]]

[[Programowanie obiektowe - 2016z | Programowanie obiektowe]]

===Zajęcia w roku 2017/18===

[[Pracownia technik obliczeniowych - 2017l | Pracownia technik obliczeniowych]]

===Zajęcia w roku 2018/19===

[[Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna | Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-10-07T13:14:39Z

Krzysko: /* Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-10-07T13:14:15Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]








[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-10-07T13:13:50Z

Krzysko: /* Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-10-07T13:12:35Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]



[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]-->

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-10-07T13:11:31Z

Krzysko: /* Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a umieszczone w materiałach do ćwiczenia 1

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]


[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-10-07T13:11:11Z

Krzysko: /* Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

#== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a umieszczone w materiałach do ćwiczenia 1

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]


[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-19T09:43:10Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a umieszczone w materiałach do ćwiczenia 1

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]


[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-19T09:42:03Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a umieszczone przy ćwiczeniu 1

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]


[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-19T09:41:06Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]
:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a umieszczone przy ćwiczeniu 1

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Plik:Istotne wiadomości do egzaminu z MC.pdf

2018-01-19T09:38:42Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-19T09:37:48Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]
:[[Media:istotne_wiadomości_do_egzaminu_z_MC.pdf | Istotne wiadomości do egzaminu z Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]



[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-16T10:15:25Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Plik:Wykład MM MD MC.pdf

2018-01-09T11:27:12Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-09T11:26:23Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-09T11:08:03Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład2_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

Plik:Nazwa.txt

2017-12-19T12:11:40Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2017-12-19T12:07:40Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład2_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:nazwa.txt | plik xsc]]

Plik:LekI cz2.pdf

2017-12-19T11:49:41Z

Krzysko:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2017-12-19T11:49:24Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład2_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2017-12-19T10:32:01Z

Krzysko: /* Materiały z ćwiczeń */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład2_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_historia.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2017-12-19T10:28:47Z

Krzysko: /* Materiały z wykładów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład2_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_historia.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]