BioFizInfo - Wkład użytkownika [pl]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-12-09T21:05:53Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Wykład_1_uzupełnienie.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]






== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]



:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:cw2.tar.gz | Pliki do przeprowadzenia i analizy dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

Plik:Cw2.tar.gz

2018-12-09T21:04:52Z

Charzewski: pliki do przeprowadzenia dynamiki molekularnej i analizy energii

== Opis ==
pliki do przeprowadzenia dynamiki molekularnej i analizy energii

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-17T08:47:59Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

[[Media:MC.zip | '''Molecular Conceptor - struktura białek''']]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Plik:MC.zip

2018-01-17T08:45:12Z

Charzewski: Struktury z Molecular Conceptor

Struktury z Molecular Conceptor

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-16T09:21:52Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-16T09:20:57Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-16T09:20:14Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2018-01-09T10:31:03Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład_1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:wykład2_MM_MD_MC.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI_cz2.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII_w2.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]
:[[Media:dynamika.zip | Pliki do dynamiki molekularnej]]

Plik:Dynamika.zip

2018-01-09T10:28:27Z

Charzewski: Pliki do dynamiki molekularnej

Pliki do dynamiki molekularnej

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2017-10-31T13:35:38Z

Charzewski: /* Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów */

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów1.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykładu1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]



== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

Plik:Struktura aminokwasów1.pdf

2017-10-31T13:35:20Z

Charzewski:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2017-10-11T15:17:37Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_ab_inito_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:Wykład2_MM_MD_MC_DB.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2017z

2017-10-11T15:17:03Z

Charzewski:

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Właściwości_aminokwasów.pdf | Właściwości aminokwasów]]

[[Media:Struktura_aminokwasów.pdf | Struktura aminokwasów]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_ab_inito_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:Wykład2_MM_MD_MC_DB.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]

Plik:Właściwości aminokwasów.pdf

2017-10-11T15:15:28Z

Charzewski:

Plik:Struktura aminokwasów.pdf

2017-10-11T15:15:15Z

Charzewski:

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2016z

2017-01-10T07:58:06Z

Charzewski:

Plik:Przygotowanie plików do dynamiki molekularnej.pdf

2017-01-10T07:51:32Z

Charzewski: