Model HP: Różnice pomiędzy wersjami
Nie podano opisu zmian |
Nie podano opisu zmian |
||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
'''Model HP''' (hydrophobic-polar protein folding model) to model polimeru wykorzystywany do badania ogólnych zasad rządzących | '''Model HP''' (''hydrophobic-polar protein folding model'') to model polimeru wykorzystywany do badania ogólnych zasad rządzących procesem zwijania białek. Badania tego typu w przypadku modeli pełnoatomowych wiążą się ze znacznymi kosztami obliczeniowymi, podczas gdy w model HP, ze względu na uproszczaoną charakterystykę, możliwe jest przeprowadzenie krótkiej symulacji (trwającej od kilku minut do kilku godzin), w trakcie której układ osiąga wszystkie możliwe mikrostany. Model zaproponował Ken A. Dill w 1985 roku <ref name="dill1985">{{cite journal |author=Dill K.A. |title=Theory for the folding and stability of globular proteins |journal=Biochemistry |volume=24 |issue=6 |year=1985 |id={{Entrez Pubmed|3986190}} |doi=10.1021/bi00327a032 |pages=1501 |pmid=3986190}}</ref>. | ||
Idea modelu HP opiera się na obserwacji, iż kluczową rolę w procesie zwijania | Idea modelu HP opiera się na obserwacji, iż kluczową rolę w procesie zwijania białek pełni efekt hydrofobowy (spotkać się można również z terminem: "oddziaływania hydrofobowe"). W podstawowym modelu HP polimer zbudowny jest z monomerów H (hydrofobowych) oraz P (polarnych), przy czym wkład do energii pochodzi jedynie od H. Można więc myśleć o modelu HP jak o modelu białka, w którym alfabet aminokwasów ograniczony został do zbioru {H,P}. Aminokwasy znajdują się w węzłach sieci kwadratowej (''square lattice'') w przypadku modelu dwuwymiarowego (2D), bądź w węzłach sieci sześciennej (''cubic lattice'') w przypadku modelu trójwymiarowego (3D). | ||
Wersja z 11 lut 2011, 14:08
Model HP (hydrophobic-polar protein folding model) to model polimeru wykorzystywany do badania ogólnych zasad rządzących procesem zwijania białek. Badania tego typu w przypadku modeli pełnoatomowych wiążą się ze znacznymi kosztami obliczeniowymi, podczas gdy w model HP, ze względu na uproszczaoną charakterystykę, możliwe jest przeprowadzenie krótkiej symulacji (trwającej od kilku minut do kilku godzin), w trakcie której układ osiąga wszystkie możliwe mikrostany. Model zaproponował Ken A. Dill w 1985 roku [1].
Idea modelu HP opiera się na obserwacji, iż kluczową rolę w procesie zwijania białek pełni efekt hydrofobowy (spotkać się można również z terminem: "oddziaływania hydrofobowe"). W podstawowym modelu HP polimer zbudowny jest z monomerów H (hydrofobowych) oraz P (polarnych), przy czym wkład do energii pochodzi jedynie od H. Można więc myśleć o modelu HP jak o modelu białka, w którym alfabet aminokwasów ograniczony został do zbioru {H,P}. Aminokwasy znajdują się w węzłach sieci kwadratowej (square lattice) w przypadku modelu dwuwymiarowego (2D), bądź w węzłach sieci sześciennej (cubic lattice) w przypadku modelu trójwymiarowego (3D).