Stereo

W wielu programach do mechaniki i dynamiki molekularnej istnieje funkcja pozwalająca pracować w trybie 3D zwanym również trybem stereo. Tryb ten ułatwia analizę dużych układów molekularnych, gdyż może znacznie poprawić wygląd i zawartość wizualną z wyświetlanych systemów. Zasada wizualizacji trybu stereo, w zależności od programu do modelowania, może być różna.

Side-by-side czyli tak zwana stereopara oznacza, że mamy dwa obrazki. Na każdym z nich jest ten sam widok/rysunek/cząsteczka z nieco innej perspektywy, przystosowany specjalnie dla konkretnego oka. W zależności od układu tych rysunków, czyli gdy obrazek po stronie lewej jest przeznaczony dla lewego oka a a po stronie prawej dla prawego lub gdy obrazek po stronie lewej jest przystosowany do oka prawego, a po stronie prawej do oka lewego, musimy przystosować nasze patrzenie tak aby zobaczyć obraz w trójwymiarze. I tak:

• gdy obrazek po stronie lewej jest przeznaczony dla lewego oka a a po stronie prawej dla prawego , patrzymy równolegle na oba obrazki (z ang. Side-by-side wall-eyed stereo), i aby widzieć w 3D musimy zrobić zeza rozbieżnego;
• gdy obrazek po stronie lewej jest przystosowany do oka prawego, a po stronie prawej do oka lewego, patrzymy krzyżowo na oba obrazki (z ang. Side-by-side cross-eyed stereo), czyli musimy zrobić zeza zbieżnego.

Anglif (z ang. Anaglyph stereo) jest najpopularniejszym stereogramem (czyli trójwymiarowym obrazem, do którego oglądania potrzebny jest specjalny sprzęt np. okulary). Anglif składa się z dwóch obrazów, każdy z nich przystosowany jest dla konkretnego oka, nałożonych na siebie. Ponieważ lewe i prawe oko widzi tą samą rzecz pod nieco innym kontem, anglif wygląda jak nieostre zdjęcie. Aby to zdjęcie zobaczyć w 3D musimy mieć specjalne okulary, w których jedno szkło jest czerwone, a drugie niebieskie. Nałożone na siebie obrazy preferują barwę czerwoną lub niebieską, dzięki temu po nałożeniu okularów, każde oko widzi inną fotografię, a tym samym mamy wrażenie obrazu w 3D.