Modelowanie molekularne - oprogramowanie: Różnice pomiędzy wersjami
Nie podano opisu zmian |
Nie podano opisu zmian |
||
| (Nie pokazano 7 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
==Modelowanie molekularne - oprogramowanie== | ==Modelowanie molekularne - oprogramowanie== | ||
'''Modelowanie molekularne''' – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości | '''Modelowanie molekularne''' – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych. Poniżej lista programów znajdujących zastosowanie w modelowaniu układów biologicznych, ich badaniu i wizualizacji. | ||
===Wizualizacja układów biologicznych=== | ===Wizualizacja układów biologicznych=== | ||
*VMD | |||
*YASARA | |||
*RasMol | |||
*Molekel | |||
===Dynamika Molekularna=== | ===Dynamika Molekularna=== | ||
*AMBER | |||
*NAMD | *NAMD | ||
*GROMACS | *GROMACS | ||
| Linia 8: | Linia 13: | ||
*YASARA | *YASARA | ||
===Ocena struktury przestrzennej białka=== | ===Ocena struktury przestrzennej białka=== | ||
*ANOLEA | |||
*Prosa | |||
*Verify3D | |||
*WHAT_CHECK | |||
===Uliniawianie sekwencji=== | ===Uliniawianie sekwencji=== | ||
*ClustalW | |||
===Budowa ligandów=== | ===Budowa ligandów=== | ||
* PRODRG | |||
===Dokowanie=== | ===Dokowanie=== | ||
=== | * AUTODOCK4 | ||
* DOCK | |||
*FlexX | |||
===Przewidywanie struktury białka=== | |||
* CABS | |||
* ROSETTA | |||
*MODELLER | |||
Aktualna wersja z 27 sty 2012, 17:08
Modelowanie molekularne - oprogramowanie
Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych. Poniżej lista programów znajdujących zastosowanie w modelowaniu układów biologicznych, ich badaniu i wizualizacji.
Wizualizacja układów biologicznych
- VMD
- YASARA
- RasMol
- Molekel
Dynamika Molekularna
- AMBER
- NAMD
- GROMACS
- GROMOS
- YASARA
Ocena struktury przestrzennej białka
- ANOLEA
- Prosa
- Verify3D
- WHAT_CHECK
Uliniawianie sekwencji
- ClustalW
Budowa ligandów
- PRODRG
Dokowanie
- AUTODOCK4
- DOCK
- FlexX
Przewidywanie struktury białka
- CABS
- ROSETTA
- MODELLER