Tekst źródłowy strony Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna - 2016z


== Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa ==

[[Media:Katalogi_plik.pdf | katalogi]]

[[Media:Vi.pdf | vi]]

[[Media:skrypt3cd.pdf | narzędzia systemowe]]
:(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

[[Media:Sed.pdf | sed]]

[[Media:Przeadresowanie.pdf | przeadresowanie]]

[[Media:Potoki.pdf | potoki]]

[[Media:Dostęp_zdalny.pdf | dostęp zdalny]]

== Materiały z wykładów ==

[[Media:Wykład_1_białka.pdf | '''Wykład 1: Białka''' - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień]]
:[[Media:Uzupełnienie_wykład1.pdf | Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a]]

[[Media:Wykład_modelowanie_homologiczne.pdf | '''Wykład 2: Modelowanie homologiczne''']]

[[Media:Wykład_modelowanie_ab_inito_de_novo.pdf | '''Wykład 3: Modelowanie białek ''ab initio'' / ''de novo''''']]
:Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony  Life Sciences 1A [http://sites.fas.harvard.edu/~lsci1a/10-12notes.pdf]
:oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [http://www.mini.pw.edu.pl/~konwersa/konspekty/wkladka_kolinski.pdf]

[[Media:Wykład2_MM_MD_MC_DB.pdf | '''Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska''']]

[[Media:lekI.pdf | '''Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia''']]

[[Media:lekII.pdf | '''Wykład 6: Lek - miejsce działania''']]

[[Media:lekIII.pdf | '''Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków''']]

[[Media:lekIV.pdf | '''Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR''']]

:Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8

[[Media:lekV.pdf | '''Wykład 9: Farmakokinetyka''']]

== Materiały z ćwiczeń ==

[[Media:raport1.pdf | '''Szablon do raportu I''' - analiza białek]]

:::[[Media:plik_PDB.pdf | Prezentacja struktury pliku PDB]]

'''Publikacje do raportu II'''
:[[Media:JMB07.pdf | -publikacja 1]]
:[[Media:12Biochemistry.pdf | -publikacja 2]]

'''Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Przygotowanie_plików_do_dynamiki_molekularnej.pdf | Przygotowanie plików]]

'''Procedura analizy układu po dynamice molekularnej w pakiecie NAMD/VMD'''
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]

[[Media:raport2.pdf | '''Szablon do raportu II''' - kompleks topoizomeraza I - SRSF6 ]]

[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]